После Ве­ли­кой Ок­тябрь­ской со­ци­а­ли­сти­че­ской ре­во­лю­ции пер­со­нал школы, как и все об­ще­ство Рос­сии, ока­зал­ся раз­де­лен на тех кто остал­ся верен мо­нар­хии, и тех кто стал её про­тив­ни­ком. Вы­пуск­ни­ки школы 1910—1917 годов стали во­е­вать друг с дру­гом на фрон­тах Граж­дан­ской войны. Ко­мис­са­ром ре­во­лю­ци­он­но­го Се­ва­сто­поль­ско­го со­ве­та стал мат­рос Фи­липп За­до­рож­ный, слу­жив­ший в Ка­чин­ской авиа­шко­ле, ко­ман­ди­ром авиа­ции Крас­но­го Крыма стал Ва­си­лий Ре­ме­зюк, вы­пуск­ник школы 1916 года, пер­вый авиа­тор Рос­сии Ми­ха­ил Ефи­мов стал боль­ше­ви­ком и крас­ным во­ен­ным лёт­чи­ком в Се­ва­сто­по­ле. Огром­ный ав­то­ри­тет в среде во­ен­ных лёт­чи­ков, воз­мож­но, спас жизнь ос­но­ва­те­лю школы Ве­ли­ко­му князю Алек­сан­дру Ми­хай­ло­ви­чу — его и дру­гих Ро­ма­но­вых, на­хо­див­ших­ся в Крыму в 1917 году аре­сто­ва­ли и дер­жа­ли в име­нии Дюль­бер, охра­ной аре­сто­ван­ных ко­ман­до­вал боль­ше­вик За­до­рож­ный, ко­то­рый всту­пил в во­ору­жен­ный кон­фликт с Ял­тин­ский ре­во­лю­ци­он­ным со­ве­том, в ко­то­ром пре­об­ла­да­ли анар­хи­сты, ру­ко­во­дил обо­ро­ной Дюль­бе­ра и не дал рас­стре­лять аре­сто­ван­ных.

В дни Граж­дан­ской войны авиа­шко­ла го­то­ви­ла во­ен­ных лёт­чи­ков для Доб­ро­воль­че­ской армии Бе­ло­го дви­же­ния, во­е­вав­шей в Крыму, а после сли­я­ния Доб­ро­воль­че­ской армии с Все­ве­ли­ким вой­ском Дон­ским — для всего «бе­ло­го» юга Рос­сии.

После по­бе­ды Крас­ной Армии про­дол­жи­ло под­го­тов­ку во­ен­ных лёт­чи­ков как 1-я авиа­ци­он­ная школа Крас­ной Армии, в со­став ко­то­рой в 1922 году была влита 1-я Мос­ков­ская школа во­ен­ных лёт­чи­ков Крас­но­го Воз­душ­но­го Флота (быв­шая Гат­чин­ская авиа­шко­ла, пе­ре­ве­ден­ная в дни Граж­дан­ской войны в город За­райск Мос­ков­ской области). Таким об­ра­зом по­лу­чи­лось сли­я­ние двух ста­рей­ших авиа­школ Рос­сии.

В 1938 году школа стала на­зы­вать­ся Ка­чин­ская Крас­но­зна­мён­ная во­ен­ная авиа­ци­он­ная школа имени Мяс­ни­ко­ва, на­зва­ние Ка­чин­ская, быв­шее до этого оби­ход­ным, стало официальным.

В 1941 году, после на­ча­ла Ве­ли­кой Оте­че­ствен­ной войны и стре­ми­тель­но­го при­бли­же­ния фрон­та школа была пе­ре­ве­де­на в город Крас­ный Кут Са­ра­тов­ской об­ла­сти и на­ча­ла уси­лен­но го­то­вить лёт­чи­ков для фрон­та.

В 1954 году учи­ли­ще пе­ре­ба­зи­ро­ва­но в Ста­лин­град, ему до­ста­лась ин­фра­струк­ту­ра Ста­лин­град­ско­го авиа­учи­ли­ща (ко­то­рое после эва­ку­а­ции а 1942 году в Ку­ста­най не вер­ну­лось в Ста­лин­град, а было пе­ре­ба­зи­ро­ва­но в Но­во­си­бирск в 1946 году), ос­нов­ным аэро­дро­мом учи­ли­ща стал Бе­ке­тов­ка, а на остав­шей­ся в Крас­ном Куте лёт­ной ин­фра­струк­ту­ре было со­зда­но Крас­но­кут­ское лёт­ное учи­ли­ще граж­дан­ской авиа­ции. Кроме Ста­лин­гра­да от­дель­ные учеб­ные кор­пу­сы и аэро­дро­мы были со­зда­ны по всей об­ла­сти: в Ка­мы­шине, Ко­тель­ни­ко­во, Мо­ро­зов­ске.

В 1990-х годах было при­ня­то ре­ше­ние о со­кра­ще­нии ко­ли­че­ства необ­хо­ди­мых стране во­ен­ных лёт­чи­ков, и со­от­вет­ствен­но, во­ен­ных лёт­ных учи­лищ. В 1997 году под­ни­мал­ся во­прос, какое учи­ли­ще оста­вить — Ка­чин­ское или Ар­ма­вир­ское. Было при­ня­то ре­ше­ние рас­фор­ми­ро­вать Ка­чин­ское, так как Вол­го­град зна­чи­тель­но боль­ше Ар­ма­ви­ра, и со­кра­щен­но­му со­ста­ву учи­ли­ща будет легче найти ра­бо­ту по граж­дан­ским спе­ци­аль­но­стям. Ка­чин­ское лёт­ное учи­ли­ще было рас­фор­ми­ро­ва­но в со­от­вет­ствии с при­ка­зом Ми­ни­стра обо­ро­ны РФ Игоря Сер­ге­е­ва № 397 от 6 но­яб­ря 1997 года.

Во время празд­но­ва­ния 100-ле­тия рос­сий­ской авиа­ции и Ка­чин­ско­го учи­ли­ща в но­яб­ре 2010 года Ми­нистр обо­ро­ны РФ Ана­то­лий Сер­дюков под­пи­сал при­каз о при­сво­е­нии Крас­но­дар­ско­му авиа­учи­ли­щу имени Ка­чин­ско­го, но пе­ре­име­но­ва­ния не про­изо­шло.

За со­вет­ский пе­ри­од учи­ли­ще под­го­то­ви­ло 16 574 лёт­чи­ка, среди ко­то­рых было 352 Героя Со­вет­ско­го Союза, 17 Ге­ро­ев РФ, 119 за­слу­жен­ных во­ен­ных лёт­чи­ков и лёт­чи­ков-ис­пы­та­те­лей, 12 мар­ша­лов авиа­ции и 200 ге­не­ра­лов.

Часть ин­фра­струк­ту­ры учи­ли­ща про­дол­жи­ла слу­жить рос­сий­ской армии: в Вол­го­гра­де учеб­ные кор­пу­са были от­да­ны 20-й гвар­дей­ской мо­то­стрел­ко­вой При­кар­пат­ско-Бер­лин­ской ди­ви­зии, зда­ния ШМАС (школа млад­ших авиа­ци­он­ных спе­ци­а­ли­стов) в Ка­мы­шине были от­да­ны 242-му гвар­дей­ско­му мо­то­стрел­ко­во­му За­ле­щиц­ко­му полку, аэро­дром и учеб­ный полк в го­ро­де Ко­тель­ни­ко­во пе­ре­под­чи­не­ны Крас­но­дар­ско­му ВВАУЛ, аэро­дром Бе­ке­тов­ка стал спор­тив­ным.